Im Januar 1835 erschien das erste Collectaneenblatt als Beilage zum Neuburger Wochenblatt. Es sollte als Publikationsorgan des Vereins Beiträge zur lokalen und regionalen Geschichte veröffentlichen.
Die Gründungsphase wurde vom Kaufmann Joseph Benedikt Graßegger (Kunstsammler, Heimat- und Vorgeschichtsforscher, Sekretär des Historischen Vereins), und Gymnasialprofessor Joseph Ferdinand Platzer (Vereinskassier) geprägt. Sie brachten insbesondere mit ihrer Forschungsarbeit eine erste Blütezeit. 1873 wurde ein Museumssaal in der Harmonie eröffnet, der das Ausstellen von Vereinssammlungen ermöglichte. Amalie Graßegger, die Schwiegertochter Joseph Benedikt Graßeggers schenkte dem Verein vier Ottheinrich-Gobelins.
1884 wurde der Name des Vereins in Historischer Verein Neuburg a. d. Donau geändert. Die Stadt Neuburg gestattete die Führung des Stadtwappens als Vereinssiegel. Die seit der Mitte des 19. Jahrhunderts andauernde Phase der Stagnation (sinkende Mitgliederzahl, geringe Forschungstätigkeit usw.) war zu Ende. Der Verein öffnete sich der Bürgerschaft. Er betrieb gezielte Öffentlichkeitsarbeit mit regelmäßigen (populären) Vorträgen und Exkursionen, die auch geselligen Bedürfnissen Rechnung trugen. Eine Satzungsänderung im Jahre 1891 erlaubte auch Frauen, Mitglied zu werden. Die Mitgliederzahl wuchs 1895 auf 300 an – ein Höhepunkt, der erst 1975 wieder überschritten wurde. Ende 1894 überläßt Josef Graßegger dem Historischen Verein seine Altertumssammlung als Dauerleihgabe zur Aufbewahrung.
Die Jahrhundertwende leitete wieder eine Zeit des Rückschritts ein (personelle Engpässe; Erster Weltkrieg), dem Pfarrer Joseph Sedelmayer, der dem Verein von 1919 – 1937 vorstand, erfolgreich entgegenwirkte.
1937 drohte dem Verein die Gleichschaltung. Sedelmayer trat zurück. Der Vereinskassier Fritz Graßegger reorganisierte den Verein, wobei er einerseits den nationalsozialistischen Anforderungen gerecht wurde, andererseits aber versuchte, durch geschicktes Taktieren dem Verein eine gewisse Eigenständigkeit zu bewahren. Der neue „Vereinsführer“ Studienprofessor Dr. Karl Ramp trat – wie von ihm erwartet wurde – in die NSDAP ein. Der Historische Verein wurde in Heimatverein umbenannt. Die Vereinssatzung fasste man unter nationalsozialistischen Vorzeichen neu (Blut-und-Boden-Programmatik, Germanenmystik). 1939 konnte das Weveldhaus angekauft werden. Das Museum im Harmoniegebäude schloss kriegsbedingt.
Nach Kriegsende – im März 1946 – konstituierte sich der Verein neu. Ramp musste zurücktreten. Die während der Nazizeit aus dem Ausschuss gedrängten Mitglieder fanden sich unter Dr. Josef Heider wieder zusammen. Die Familie Graßegger verlangte 1949 die Herausgabe der geliehenen Graßeggersammlung. Man einigte sich schließlich darauf, einige bestimmte Gegenstände zurückzugeben, darunter die Bronzestatue des hl. Martin von Sebald Hirder (heute im Bayerischen Nationalmuseum). Im Gegenzug wird der Historische Verein Eigentümer der verbliebenen Sammlung. Er erhielt 1950 den Namen Historischer Verein (Heimatverein). 1950 und 1951 wurde schrittweise das Heimatmuseum im Weveldhaus eröffnet. Der Schwerpunkt der Vereinsarbeit verlagerte sich von der Forschungs- auf die Museums- und Verwaltungsarbeit.
1973 löste Michael Eckstein, langjähriger Mitarbeiter und bedeutendster Vorgeschichtsforscher des Vereins Heider im Amt des Vorstandes ab. Der Vereinsname wurde 1970 auf Heimatverein – Historischer Verein festgelegt (mittlerweile nur noch Historischer Verein).
Zur Vereinstätigkeit gehörten von Anbeginn an neben öffentlichkeitswirksamen Veranstaltungen – wie Vorträgen, Studienfahrten und Ausstellungen – auch Inventarisierungs- und Katalogisierungsarbeiten, die die wissenschaftliche Forschung erleichtern und eine ordnungsgemäße Verwaltung der Sammlungen ermöglichen.
Von 1980 bis 2000 war Studienrat Matthias Schieber Vorsitzender des Historischen Vereins. 1987 wurde das Schlossmuseum Neuburg nach langjährigen Vorbereitungen eröffnet (Abteilung Pfalz-Neuburg; Abteilung Vor- und Frühgeschichte = staatliche Zweiggalerie der Prähistorischen Staatssammlung München; Abteilung kirchlicher Barock mit Paramenten des Neuburger Ursulinerinnenfonds). Träger ist die Bayerische Schlösserverwaltung. Über 80 % der Exponate sind Leihgaben des Historischen Vereins. Das Heimatmuseum im – mittlerweile in städtischen Besitz übergegangenen – Weveldhaus wurde 1985 geschlossen.
Dem weiteren Wirken von Mathias Schieber ist zu verdanken, dass die zeitgeschichtlichen Sammlungen des Vereins durch seine Präsenz bei Haushaltsauflösungen und Geschäftsaufgaben sowie durch Ankäufe erheblich erweitert werden, und damit wertvolle Zeugnisse der Alltagskultur unserer Heimat erhalten werden konnten. Mit der Anstellung von hauptamtlichem Fachpersonal wurden die Inventarisierung und der Unterhalt der Sammlungen auf eine neue fachliche Basis gestellt. Am 13. April 2000 trat Mathias Schieber krankheitsbedingt als 1. Vorsitzender zurück und wurde zum Ehrenmitglied ernannt. Sein Nachfolger wurde der bisherige 2. Vorsitzende Roland Thiele. Neuer 2. Vorsitzender wurde ab 8. November Apotheker Werner Kragler.
Am 28. Mai 2003: trat mit Beschluss der Mitgliederversammlung der mit der Stadt Neuburg ausgehandelte „Vertrag zur Einrichtung und Betrieb von Museumseinrichtungen in Neuburg an der Donau“ in Kraft. Die Stadt verpflichtete sich in diesem Vertrag zur Übernahme der Kosten des Stadtmuseums und der Depots. Er bildet bis heute die Grundlage der Museumsarbeit des Historischen Vereins und beschreibt die Aufgaben seiner beiden Träger. Vom November 2003 bis Januar 2004 erfolgte der Umzug aus dem städtischen Anwesen Bahnhofstraße B 142 und die Einrichtung Geschäftsstelle des Vereins mit Archiv und Bibliothek im 1. Stock des städtischen Loiblhauses, Amalienstraße A 47.
Ein Höhepunkt der Vereinsgeschichte stellte nach Abschluss der städtischen Bau- und Renovierungsmaßnahmen am Weveldhaus, die dortige Einrichtung des neuen Stadtmuseums (mit Ausnahme der Räume im Kellergeschoss) dar. Das bis heute vom Historischen Verein betriebene Museum wurde am 8. April 2005 mit einem Festakt im Rahmen des Jubiläumsjahres „500 Jahre Fürstentum Pfalz-Neuburg“ feierlich eröffnet. Gleichzeitig fand in diesem Jahr die Landesausstellung „Von Kaisers Gnaden“ statt, die vom 3. Juni bis 16. Oktober von über 110.000 Gästen besucht wurde. Der Historische Verein war an dieser Ausstellung mit zahlrichten wertvollen Exponaten beteiligt.
Am 13. Januar 2006 folgte das Ausschussmitglied Dr. Markus Nadler auf Werner Kragler als 2. Vorstand. Am 23. Juni 2016 wurde die neugestaltete Abteilung Pfalz-Neuburg im Ostflügel des Neuburger Schlossmuseums wiedereröffnet. Bei dieser Gelegenheit erhielten MdL Eugen von Rednitz, Landrat Dr. Richard Keßler und Vereinsvorsitzender Roland Thiele aus der Hand des bayerischen Finanzministers Dr. Faltlhauser die Ludwig I. Medaille für Verdienste um das Neuburger Residenzschloss.
Ein weiteres wichtiges Ereignis der Vereinsgeschichte war die Feier zum 175-jährigen Bestehen des Historischen Vereins. Die Schirmherrschaft über diese Veranstaltung übernahm s. k. H. Herzog Franz von Bayern. Beim Festakt im Kongregationssaal des ehem. Jesuitengymnasiums wurde Landrat Dr. Richard Keßler die Ehrenmitgliedschaft des Historischen Vereins verliehen.
Am 19. Dezember 2008 wurde der Verdienste des langjährigen Vereinskonservators, Ehrenmitglieds und bedeutenden Mäzen des Vereins, Heinrich Feyerlein † durch Anbringung einer Gedenktafel im Treppenhaus des Stadtmuseums gedacht. Sein Nachlass von über 140.000 € ermöglichte uns die Einrichtung des neuen Stadtmuseums. Am 9. Mai 2009 wurden die zuvor im Rahmen eines 2. Bauabschnitts mit moderner Medieneinrichtung gestalteten Museumsräume im Untergeschoss des Weveldhauses mit den Themen „Stadtgeschichte von der Urnenfelderzeit bis zum Frühen Mittelalter“, „Wasser ist Leben“ und „Neuburg, Stadt an der Donau“ eröffnet. Die Gesamtkosten der unter der Trägerschaft des Historischen Vereins durchgeführten Einrichtung des Stadtmuseums haben sich auf rund 748.500 € belaufen. Im Dezember 2015 folgt Gerhard Walter auf Dr. Markus Nadler als 2. Vorsitzender.
Vom 15. Juli bis 5. November 2017 veranstaltete das Neuburger Stadtmuseum mit seinen Trägern Historischer Verein und Stadt Neuburg sowie mit den Kooperationspartnern Bayerische Schlösserverwaltung und Neuburger Hofkirchenstiftung im Rahmen des Matin-Luther-Gedenkjahres eine Sonderausstellung „FürstenMacht & wahrer Glaube“. Diese wurde der Schlosskapelle – der ältesten evangelischen Kirche der Welt – im Ost- und Nordflügel des Schlosses, im Verbindungsgang vom Rittersaal des Schlosses zur Hofkirche und in der Hofkirche selbst abgehalten. Damit wurde ein einmaliger Weg durch bedeutende historische Denkmäler von der Reformation zur Gegenreformation eröffnet. Die Ausstellung wurde von rund 20.000 Besucher besichtigt und war damit und den Gesamtkosten von rund 1 Mio € die größte Ausstellung, die vom Historischen Verein, bzw. von ihm betriebenen Museumseinrichtungen jemals ausgerichtet wurde.
(Text: Roland Thiele, Vorsitzender von 2000 bis 2017)
Im Januar 2018 übernahm Dr. Michael Henker den Vorsitz des Vereins mit inzwischen über 700 Mitgliedern.